1、益生菌有緩解乳糖不耐癥狀，促進機體營養吸收的作用：益生菌有助于營養物質在腸道內的消化。它能分解乳糖成為乳酸，減輕乳糖不耐癥。雙歧桿菌和乳酸桿菌不僅可以產生各種維生素如維生素B1、B2、B6、B12、煙酸和葉酸等以供機體所需，還能通過抑制某些維生素分解菌來保障維生素的供應。
 

2、益生菌有整腸作用，調整微生態失調，防治腹瀉：益生菌活著進入人體腸道內，通過其生長及各種代謝作用促進腸內細菌群的正常化，抑制腸內腐敗物質產生，保持腸道機能的正常。對病毒和細菌性急性腸炎及痢疾，便秘等都有治療及預防作用。
 

3、益生菌能代謝產物產生生物拮抗，增強人體免疫力：益生菌可產生有機酸、游離脂肪酸、過氧化氫、細菌素抑制其它有害菌的生長；通過“生物奪氧”使需氧型致病菌大幅度下降，益生菌能夠定殖于粘膜、皮膚等表面或細胞之間形成生物屏障，這些屏障可以阻止病原微生物的定殖，起著占位、爭奪營養、互利共生或拮抗作用。
 

4、益生菌對高血壓的效果：乳酸菌產生的某些物質如γ-氨基丁酸（GABA）具有降低血壓的功效。還有一部分的益生菌能特異分解乳蛋白（酪蛋白），產生具有抑制引起血壓上升的酶（血管緊張素轉化酶，ACE）活性的多肽（如VPP和LPP）。常期飲用含有這種活性多肽的酸奶有防止高血壓的效果。
 

5、益生菌有緩解過敏作用：過敏是一種免疫疾病，是人體內免疫功能失調出現不平衡的狀況。有過敏體質的人當外來物質或生物體刺激免疫系統產生免疫球蛋白（IgE）數量過多，使其釋放出一種叫組織胺的物質從而引發過敏癥狀。益生菌療法是目前國內外流行輔助治療過敏的有效方法之一。